现如今大多数患有巧克力囊肿的都是由女性多次流产所导致的，治疗这种疾病我们可以采用药物治疗或手术治疗。
卵巢巧克力囊肿，又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是子宫内膜异位症的一种病变。如果女性朋友在日常生活中不采取避孕措施，她们就会意外怀孕。如果反复流产，流产时子宫压力会发生变化，导致子宫内膜碎片进入盆腔，巧克力囊肿。
现在人们思想开放，性生活紊乱。如果女性在性生活中不注意卫生，比如在月经期间做爱，尤其容易让月经血进入盆腔，导致巧克力囊肿。女性朋友一定要小心。月经期间不要做爱。他们通常应该注意清洁双方的生殖器官。巧克力囊肿的发生也可能是由于免疫功能的损害。如果女性卵巢免疫力不足，盆腔内的子宫内膜碎片不能及时排出。此时，卵巢将生长，导致巧克力问题。
选择预期治疗巧克力囊肿症状轻微或无症状的轻微病变;有生育要求的轻度患者应在明确诊断后进行药物治疗，重度患者应保留生育功能手术;无生育要求的年轻但无生育要求的重症患者可保留卵巢功能手术，辅以药物治疗;无生育要求的症状和严重病变患者可进行根治性手术。有两种手术方法：开腹手术和腹腔镜手术。
巧克力囊肿患者一定要注意以下几个问题：定期做B超声检查防止复发，期间的饮食多食用些蛋白质，蛋白质可以帮助伤口快速愈合，增加体力，也可以选择富含高蛋白质的食物，这样不仅可以增强自身的抵抗力，还可以迅速恢复身体健康。
