卵巢巧克力囊肿包括药物治疗、手术治疗、体外受精胚胎移植等治疗方法。
1、药物治疗。对于超声没有发现有恶性病变的患者，如果囊肿比较小，可以选择激素类药物进行治疗，比如口服避孕药进行治疗，应定期复查。
2、手术治疗。如果巧克力囊肿直径大于3cm则可以考虑进行手术切除。可以采取腹腔镜微创手术的方式，对身体损害性小，恢复的快，切除后最好对组织进行病理学诊断。手术切除囊肿复发率较高，所以不急于生育的女性可以在术后继续药物辅助治疗，减少囊肿复发率。
3、体外受精。对于育龄期女性，囊肿如果影响到女性自然怀孕则可以人工辅助受孕。巧克力囊肿这个病的症状特点就是痛经，并且痛经呈逐渐加重的趋势。并且这个病即便是手术以后，巧克力囊肿容易在短时间内还容易复发。巧克力囊肿是由于子宫内膜易异位在卵巢部位，导致月经期子宫内膜剥脱出血时，异位到卵巢内部的活性子宫内膜也能剥脱出去，久而久之出血无办法引流时，将会形成囊肿。由于囊肿水分被吸收，将会有较多铁元素沉积，囊肿逐渐黏稠、颜色逐渐加深，逐渐形成如巧克力样的液体。
温馨提示：在女性患有卵巢巧克力囊肿的情况下，千万不能剧烈的运动，如果有剧烈运动会导致卵巢巧克力囊肿出现破裂，从而引起腹腔内出血，甚至有休克的风险，需要急诊手术，饮食方面也需要加以注意，不要吃过于辛辣，刺激性，寒凉的食物，需要定期到医院检查卵巢巧克力囊肿的生长，平时月经期间，也要注意做好阴道清洁卫生，同时需要禁止性生活，避免引起经血倒流，引起子宫内膜异位等现象。手术后如果女性有生育的要求，建议术后3个月开始备孕。
